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  在熒光顯微鏡中，樣品在被特定波長的光激活時發射能量。一些物質，如葉綠素和一些礦物質會自然地做到這一點，而其他物質則需要其他化學觸發劑的幫助。

  熒光顯微鏡通常由以下組件組成：

  - 光源，可以是氙氣或汞燈、LED或激光器。
  - 激發濾波器，其僅從光源中選擇能夠激發樣本的激發波長。
  - 二向色分束器或反射鏡，它以波長的函數來傳輸和反射光。
  - 發射濾波器，它通過選擇不同波長的光來確保只傳輸從樣品中發出的光。
  - CCD相機，它是廣泛用于探測發射光的設備，通常與顯示生成圖像的計算機屏幕相連接

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